Da esso sono stati gemmati altri enti di ricerca quali l'INFN (1951) e il CNRN (poi CNEN, poi ENEA) nel 1952. Dal 1982 al 1988 un suo ufficio, il PSN (Piano Spaziale Nazionale) si e' occupato di attivita' spaziali fino alla costituzione dell'ASI (Agenzia Spaziale Italiana).
Dai tardi anni '60 il CNR ha affiancato alle funzioni di agenzia l'attivita' diretta di ricerca in proprie strutture. A questi "anni belli" risale la fondazione degli istituti, ora nell'INAF, che si occupano di astrofisica spaziale e radioastronomia.
Gli storici Osservatorii Astronomici ricevono uno statuto para-universitario con la legge 382 del 1982 ("riforma universitaria", quella che introduce le tre fasce di ricercatori, professori associati e professori ordinari mettendo ordine nella pletora di posizioni preesistenti). Essi resteranno enti autonomi fino alla costituzione del "primo INAF" nel 1999, mentre dal 2003 il "nuovo INAF" unifica tutti gli istituti, ex-CNR ed Osservatori, che si occupano di ricerca astrofisica,
Tra il 1975 e il 1989 il CNR affronta un periodo buio dal punto di vista normativo, essendo inserito nel cosiddetto "parastato", da cui esce con la creazione di tre fasce analoghe a quelle universitarie (ricercatori, primi ricercatori, dirigenti di ricerca).
A varie riprese sono state tentate delle riforme di natura burocratica degli enti di ricerca, senza affrontare i reali problemi della ricerca. Anche quando erano ispirate dalle migliori intenzioni, come l'istituzione dell'INAF, la pretesa di essere a "costo zero" le ha rese scarsamente efficaci e farraginose.
Piu' spesso la ricerca e' stata soggetta, con il resto della pubblica amministrazione, a tagli in percentuale fissa e blocco del turnover, senza entrare nella specificita' di un settore che produce risultati di eccellenza.
In passato molto spesso i ruoli apicali degli enti (presidente e direttore generale), che sono di nomina governativa, sono stati soggetti alla "lottizzazione" politica, che per fortuna non ha toccato la direzione scientifica dei singoli istituti.
Il precedente governo per la prima volta ha nominato come Presidenti (dell'ASI, dell'INAF e del CNR) degli scienziati di chiara fama internazionale proposti da un "comitato di pari"). Esso aveva anche approntato, in base a una legge delega, una bozza di decreto per l'autonomia degli enti. Purtroppo l'attuale governo ha lasciato cadere la delega, salvo sfruttarne una clausola per rimuovere il Presidente dell'ASI.